küçük yaşlarda edirne'de yaşamakta iken tahmini 17 -18 yaşlarında kahire'ye gidip burada tıp eğitimi alan emir çelebi, eğitimi bittikten sonra yine burada kalmış ve mansuriye hastanesi'nin başhekimliğine kadar yükselmiştir.

1622'de padişahın emriyle akdeniz seferine çıkan kaptan-ı derya recep paşa, hastalanınca bu hastaneye gitmiş ve burada emir çelebi ile tanışır. ondaki hüneri gören paşa, emir çelebi'yi istanbul'a getirir. burada saray hekimlerinden biri olan emir çelebi; birinci mustafa, genç osman ve dördüncü murad dönemlerinde sarayın başhekimi olarak görev yapar.

dördüncü murat, fatih sultan mehmet ve ikinci mahmut ile birlikte osmanlı padişahları arasında bilime ve ilme en çok önem veren padişahlardan birisidir ve bu dönemde özellikle istanbul'da birçok farklı alanda bilimsel çalışmalar yapılmaktadır. işte emir çelebi de padişahtan aldığı izinle özellikle savaşlarda ölen hristiyan askerlerin cesetleri üzerinde incelemeler yapmaya başlar.

mö ikinci yüzyıllara kadar giden organ nakli çalışmalarına dair eserleri okuyan emir çelebi, özellikle kopan burunları, kulakları, el ve ayakları nakletme çalışmalarına yoğunlaşsa da bu denemelerinin olumlu sonuçlandığına dair hiçbir kayıt bulunmamaktadır. yine de günümüzde dahi tıp dünyasının en önemli eserlerinden biri olarak gösterilen enmûcezü't - tıb adlı eserinde organ nakli ve daha birçok konuda çeşitli bilgiler verir emir çelebi. bu çalışmaları sebebiyle kendisine eskişehir'in bir kazası olan milhaççık, arpalık olarak verilir. fatih'te bir muayenehane dahi açmasına müsaade edilir.

lâkin kötü bir alışkanlığı vardır emir çelebi'nin: afyon bağımlısıdır! bir de saraydaki kösem sultan ve dördüncü murat soğuk savaşında kösem sultan'ın tarafında yer aldığı söylenir. bu iftira da olabilir. nitekim emir çelebi'nin düşmanlarından silahtar mustafa paşa hem dördüncü murad'ın çok yakınındadır hem de saraydaki önemli mevkilere kendi adamlarını yerleştirme peşindedir. nihayetinde dördüncü murad'a, başhekim emir çelebi'nin her gece afyon içtiğini ve kendisine karşı kösem sultan'ın tarafında yer aldığını iletir.

o zamana dek emir çelebi'yle her firsatta satranç oynayan padişah dördüncü murad, bir kez daha kendisiyle satranç masasına oturur ve oyun sırasında emir çelebi'ye zorla çok miktarda afyon yutturur. emir çelebi'nin masadan kalkmasına da müsaade etmeyen padişah bilerek oyunu uzatır ve emir çelebi biraz sonra oracıkta can verir.

bu anlar muhteşem yüzyıl kösem adlı dizide de şu şekilde anlatılmıştır:

Bir Doktorun Ağzından: Tüm İncelikleriyle Akşamdan Kalma Olayı